Jednog hladnog prolećnog dana 1945. godine, po kazivanju Mihaila, otac Justin služio je svetu Liturgiju u zimskoj crkvi (kapeli). Pred kraj polovine Liturgije, vrata su odjednom uz strašnu buku odletela, i u crkvu su upali pripadnici OZNE sa vojskom, naoružanih puškama i automatima. Bilo ih je oko dvesta, a manastir je u tom trenutku bio potpuno opkoljen
U crkvu je upala udarna grupa sa mašinkama na gotovs, a predvodio ih je jedan visok i mlađi čovek u kožnom kaputu.
Otac Justin je u tom trenutku već savršio više od polovine Liturgije. U oltaru je kraj njega stajao protosinđel dr Vasilije Kostić, potonji episkop žički. Mihailo, otac Sava i sestre bili su na pevnici. Dok su vojnici stajali raspoređeni po crkvi s uperenim oružjem, njihov komandir — oficir OZNE, s revolverom u ruci — naglo je ušao u oltar i povikao:
„Druže doktore Justine, uhapšeni ste!“
Zatim se okrenuo ka ocu Vasiliju i istim tonom rekao:
„I vi ste uhapšeni, doktore Kostiću!“
„Samo da završim službu Božju“
Otac Justin, koji je tog dana — vanobičajeno — služio na crkvenoslovenskom, mirno je nastavio Liturgiju, prešavši na srpski i rekavši:
„Samo da završim službu Božju“
Oficir OZNE koji je došao sa 200 vojnika da uhapsi oca Justina i protosinđela Vasilija bio je, po svedočenju, Milenko Bojanić — kasnije visoki funkcioner u vladi Titove Jugoslavije. On je stao na južne dveri oltara i ćutao, čekajući da Liturgija bude dovršena.
Pretres u keliji
Po završetku Liturgije, Bojanić je uhapšene sproveo do konaka. Dr Vasilija su izdvojili u posebnu prostoriju, a u keliju oca Justina ušli su Bojanić i nekoliko vojnika. Na njegov zahtev, sa ocem Justinom su smeli da budu samo monahinja Paraskeva i Mihailo.
Odmah je započet pretres svih knjiga, spisa i stvari. Pregledan je svaki papirić, svaka beleška.
Bojanić je za svaku sitnicu pitao:
„Da li je ovo neka šifra?“
Kada je zahtevao da otac Justin „dešifruje“ pisma i čestitke, ava je mirno odgovorio:
„Ovde nemam šta da dešifrujem, osim kako tu piše. Ako vi imate nešto, izvolite — dešifrujte“
Njegova staloženost i vedrina zadivljivali su čak i vojnike. Samo je Bojanić ostajao nervozan, prebirući po stvarima i povremeno grubo ispitujući avu.
Jedan vojnik, zadobijen Avinom smirenošću, upitao je stidljivo:
„Mogu li da skinem ikonu i pogledam?“
Otac Justin htede da mu dozvoli, ali ga Bojanić preseče urlikom:
„Zabranjujem vam da govorite!“
Ava mirno dovrši započeto:
„Samo vi skinite i pogledajte“
„Zabranjeno mi je da govorim“
U jednom trenutku, Bojanić zatraži od oca Justina da mu prevede jedan tekst iz knjige.
Otac Justin mu odgovori:
„Zabranjeno mi je da govorim“
„Ali ja to zahtevam od vas!“ — povisi ton oficir
Ava odgovori:
„Vi ste svoj posao obavili. Uhapsili ste me. Tamo gde bude trebalo, ja ću odgovarati“
Tada je Bojanić naredio da se iz kelije izvedu i Mihailo i monahinja Paraskeva.
„Šifra“ na vaskršnjem jajetu
Bojanić je čak i vaskršnja jaja smatrao sumnjivim. Razbijao je svako jedno po jedno, tražeći „šifru“. Na jednom od njih bilo je ispisano „Hristos voskrese“
„Šta treba da znači ovo?“ — grubo upita on
Ava mu mirno odgovori:
„Pa zar je za vas šifra oslikano vaskršnje jaje sa čestitkom osmogodišnjeg deteta?“
Zatvor, ispitivanja i progon
Oba duhovnika — otac Justin i dr Vasilije Kostić — bili su odvedeni u Pirot, gde su zatvoreni i mučeni oko 15 dana pre Svetog Nikole, 3. ili 4. decembra 1946. godine.
Posle sedam dana ispitivanja, kada se OZNA uverila da nisu politički protivnici nego duhovnici, upućeni su u Beograd, gde su u zatvoru proveli još sedam dana
U međuvremenu, komunisti su u Patrijaršiji zaplenili i uništili veliki broj primeraka prvog i drugog toma „Dogmatike“ oca Justina, što je dovelo do višedecenijskog nedostatka tih ključnih bogoslovskih dela
Otac Justin je potom boravio kod prijatelja i po manastirima (Ravanica, Devič), sve do 28. maja 1948, kada je prešao u manastir Ćelije — mesto gde će ostati do kraja života i postati jedan od najvećih duhovnika XX veka.






