Империја Александра Македонског се простирала од Балкана према истоку до територије савременог Пакистана. Након још једног исцрпљујућег похода у Индију војска се побунила и исцрпљени војници су се са вођом вратили у Вавилон, где је Александар одавно желео да пресели престоницу. Испоставило се да је древни град свештеника и астролога био његово последње уточиште.

Александар Македонски је ту пио вино и срушио се. Агонија је трајала неколико дана. Мучио се од болова и тражио мач да прекрати муке. Почеле су грознице, халуцинације, више није могао да говори, само је хаотично померао руке. После две недеље, 11. јуна 323. године пре нове ере је умро.

Пошто је био премлад за умирање, сматрало се да је отрован, чак су сумњали и у његовог учитеља Аристотела. Плутарх је писао да је разлог његове смрти заправо отров из реке Стикс. Познато је да је цар експериментисао са различитим лековима, па је, можда случајно узео већу дозу.

Занимљиво је да су људи који су балсамовали тело и дошли шест дана након смрти Македонског, нису видели трагове распадања. Сматрали су да је то знак божанског порекла покојника. Према мишљењу професора Катерине Хол са Медицинске школе на Универзитету Отаго на Новом Зеланду, Александар је вероватно имао тешку инфекцију црева. Потреба тела за кисеоником је опала, није дисао, па зато наводно није дошло до распадања тела.

Тело Александра је балсамовано по староегипатском обреду и положено у скупи саркофаг. Његови сарадници су одлучили да га однесу у домовину. Међутим, император их је претходно заветовао, док је био у агонији, да га сахране у Египту.

Ипак, велика мртвачка кола су била спремна након две године и поворка је кренула у Македонију. Међутим, на територији Сирије су поворку напали људи Птолемеја, узели су тело и однели га у Египат по Александровој жељи. Прво је било у Мемфису, а затим у Александрији.

У наредном периоду су гробницу посећивали Јулије Цезар, император Октавијан Август, Калигула и Каракала. Октавијан је, према легенди, случајно поломио нос мумији Александра Македонског. Након IV века је мало ко могао са сигурношћу да каже где је сахрањен.

У Александрији је 400. године био један од отаца цркве Јован Златоусти који је рекао: „Његову гробницу не зна ни његов сопствени народ“. Каснији су арапски аутори тврдили да су видели Александрову крипту, али нису могли да кажу тачно на ком је месту. Током XIX века је настала потпуна збуњеност, неки научници су сматрали да гроб треба тражити у граду под рушевинама ранохришћанске цркве, други у џамији Ел-Наби Даниел.

Грк Амбруаза Скилициса је 1850. године је у подруму џамије, наводно, открио дрвена врата иза којих је било тело у стакленом гробу са златном дијадемом на глави.

У XX веку су научници наставили потрагу за гробницом. Током 1977. године у граду Вергина (који се раније звао Еги, главни град древне Македоније) археолози су открили богато украшени антички некропољ са три гроба. Артефакти су припадали царској породици из времена оца Александра Филипа II, у њој су били отац, син и полубрат великог освајача. Међутим, недавне студије су показале да су закључци погрешни.

Са остацима Филипа II није било недоумица јер су их препознали по сраслом зглобу на колену, у другој крипти је почивао Александров полубрат, а трећа је била намењена његовом сину, такође Александру.

Грчки археолог Лиана Сувалки је на други начин размишљала и присетила се жеље Александра Македонског да буде сахрањен у Египту. Он је пре почетка својих победа дошао у египатску оазу Сива, где се налазио храм Амона Ра. Од локалног пророка је добио потврду да потиче од Бога. Сувалки је 1989. године добила дозволу да истражује и чак је изјавила да је гробница пронађена, али је убрзо након тога затворен локалитет за истраживање.

Најзанимљивију верзију је 2003. године дао физичар и историчар Ендрју Чег који је навео да се у Британском музеју чува саркофаг фараона Нектанеба II и надгробни споменик Марка у Венецији као део ансамбла гробнице Македонског. Према мишљењу овог физичара, Птоломеј је узео тело Александра, ставио га у овај гроб и послао у Александрију. У XVI веку, венецијански трговци су у Италију донели надгробни споменик заједно са остацима, за које су сматрали да припадају Светом Марку, док је празан саркофаг остао у Египту. Чег мисли да су мошти апостола у ствари, остаци Александра Македонског.

Често се губе из вида неке једноставне чињенице. Већ 25 година археолози из разних земаља истражују територију баште Шалалат у центру Александрије где је некада било гробље за владаре и велможе. Проблем је био у томе да је део због земљотреса пао на дно Средоземног мора. Током 1997. године је истраживано дно.